В том и другом случае, вы можете использовать какую-угодно часть материнского капитала - хоть первую, хоть вторую, хоть третью. Как известно, использовать сертификат можно так, как удобно, главное - законно.
Помните, земля должна быть незастроенной и оформленной под индивидуальное жилищное строительство. Разрешение нужно брать в администрации района, где будете строиться. Если это, например, село Вад, значит в обращайтесь в администрацию Вадского района и так далее.